1660年斯图亚特王朝复辟。1662年查理二世于颁布《划一法案》( Act of Uniformity)后,许多不从国教者被褫夺牧职,巴克斯特也被逐出英国国教会,无法在基德明斯特继续牧会。在此后29年的生涯中,他历经坎坷,多次被控告、受罚款,甚至坐监。他能讲道时就讲道,不能讲道时就著书。无论在什么境遇中,他都以神国为念,尽心爱主。在几十年间,他写下了130多部的著作。莱尔主教评价巴克斯特时说:“他是一个‘不属世界的人’,一直把上帝、基督、天国、死亡、审判和永恒摆在眼前,毫不关心世上的好处。”
他不仅借着讲台传讲,而且借着著书来传讲。 1658年,巴克斯特写了一本小书,书名直截了当称为《对未悔改者的呼唤》( A Call to the Unconverted)。这本书获得的成功仅次于《圣徒永恒的安息》,该书印行了三万多册,不仅带领了成千上万的人信主,而且对怀特菲尔德和司布真这样的大布道家产生了极大的影响。